حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی شهادت حجت‌الاسلام والمسلمین سیّدابراهیم رئیسی رئیس‌جمهور اسلامی ایران، دکتر امیرعبداللهیان وزیر امور خارجه، حجت‌الاسلام‌والمسلمین آل‌هاشم نماینده، ولی فقیه در آذربایجان شرقی، دکتر رحمتی استاندار آذربایجان شرقی و همراهان گرامی ایشان در سانحه هوایی را تسلیت گفتند.
پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری، متن پیام تسلیت رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با اندوه و تأسف فراوان خبر تلخِ درگذشتِ شهادت گونه‌ی عالم مجاهد، رئیس‌جمهور مردمی و با کفایت و پرتلاش، خادم‌الرضا علیه السلام جناب حجة الاسلام و المسلمین آقای حاج سید ابراهیم رئیسی و همراهان گرامی ایشان رضوان الله علیهم را دریافت کردم.
این حادثه‌ی ناگوار در اثنای یک تلاش خدمت‌رسانی اتفاق افتاد؛ همه‌ی مدت مسئولیت این انسان بزرگوار و فداکار چه در دوران کوتاه ریاست جمهوری و چه پیش از آن، یکسره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد.
رئیسی عزیز خستگی نمیشناخت. در این حادثه‌ی تلخ، ملت ایران، خدمتگزار صمیمی و مخلص و با ارزشی را از دست داد. برای او صلاح و رضایت مردم که حاکی از رضایت الهی است بر همه چیز ترجیح داشت، از این رو آزردگیهایش از ناسپاسی و طعن برخی بدخواهان، مانع تلاش شبانه روزیش برای پیشرفت و اصلاح امور نمیشد.
در این حادثه‌ی سنگین شخصیت‌های برجسته‌ئی مانند حجةالاسلام آل هاشم امام جمعه‌ی محبوب و معتبر تبریز، جناب آقای امیر عبداللهیان وزیر خارجه‌ی مجاهد و فعال، جناب آقای مالک رحمتی استاندار انقلابی و متدین آذربایجان شرقی و گروه پروازی و دیگر همراهان نیز به رحمت الهی پیوستند.
اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام میکنم و به ملت عزیز ایران تسلیت میگویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوه‌ی مجریه قرار میگیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس‌جمهور جدید انتخاب شود.
در پایان تسلیت صمیمی خود را به مادر گرامی جناب آقای رئیسی و همسر فاضل و بزرگوار ایشان و دیگر بازماندگان رئیس‌جمهور و خانواده‌های محترم همراهان بویژه والد ماجد جناب آقای آل هاشم معروض میدارم و صبر و تسلای آنان و رحمت الهی برای درگذشتگان را مسألت میکنم.
سیّدعلی خامنه‌ای