پیام حضرت آیتالله سید مجتبی خامنهای به این شرح است: «بسمالله الرحمن الرحیم، خبر تأسفبار ارتحال استاد معظم، فقیه عالیمقام حضرت آیتاللهالعظمی شبیری رضواناللهتعالیعلیه واصل شد. این عالم بزرگوار همه عمر شریف خود بهجز چند سال اوّل طفولیّت را در مسیر تعلّم و تعلیم و تحقیق گذراندند و همواره از سوی همترازانِ سِنّی و دورهای و اساتید بهعنوان شخصی محقّق و ژرفنگر قلمداد میشدند. تسلّط ایشان بر فنون مختلف مربوط به استنباط احکام شرعی با ظرائف و لحاظ دقائق همراه بود. مجالس درس آن بزرگوار حتّی وقتیکه عدد حضّار آن از چند نفر تجاوز نمیکرد، بهعنوان مجالس تتبّع و تدقیق شناخته میشد و بحق چنین بود. بحمدالله در حدود کمی بیش از سه دهه اخیر، عدّه زیادی این توفیق را یافتند تا از وجود مغتنم ایشان در حدّ ظرفیت خود بهره ببرند و برای محافل علمی و تدریس خود توشه بردارند. محضر ایشان، محضر اِفاده و استفاده بود حتّی آن وقتیکه قدمزنان بعد از درس بهسوی بیت شریف میرفتند. غیر از وجهه مسلّم علمی، رفتار متواضعانه و پدرانه ایشان با طلّاب و فضلا هم امری مشهود و درسآموز بود. بیشک فقدان این شخصیّت ممتاز، خللی در ردیف محقّقین تراز اوّل شیعه در عصر حاضر ایجاد نموده است که شاید جبران آن مدّتها بهطول انجامد. بنده این مصیبت را به سرورمان عجّلاللهتعالیفرجهالشّریف و حوزات علمیّه و بالخصوص شاگردان و علاقمندان و بالاخص بیت شریفِ عالِم و فاضلپرور ایشان تسلیت عرض نموده و از محضر حضرت حق جلّوعلا، علوّ درجات برای آن بزرگوار مسئلت دارم.»