درباره دیر استپانوس مقدس در انجیل قدیمی که با سال ۹۸۹ م تحریر شده و در ماتناداران اجمیادزین نگهداری می‌شود، نوشته‌ای موجود است. این انجیل را شخص نیکوکاری به نام گوژی، فرزند واهرام از طرف خود و خویشاوندانش به دیر استپانوس اهدا کرده است. به گزارش ایبنا، کلیسای سنت استپانوس جلفا یک شب در سال را پذیرای هزاران مسیحی ارمنی است و همه ساله در یک روز ویژه، گروهی از ارامنه دنیا به این منطقه می‌آیند تا افزون بر زیارت، مراسم خود را نیز برگزار کنند.
استپانوس نخستین شهید مسیحیت به شمار می‌رود. چنان که در انجیل مقدس، در بخش «اعمال رسولان» آمده است وی مردی مومن و دارای سجایای فراوان بود، بیماران را شفا می‌داد، الام آنان را تسکین می‌بخشید و در میان پیروان مسیح، به نیکنامی شهرت داشت. اما بدخواهان نزد روحانیون یهود از او بدگویی کردند و به تحریک آنان استپانوس را به بیرون شهر برند و سنگسار کردند. تصویر سنگسار کردن استپانوس بر دیوار شرقی کلیسا حجاری شده است.
هوهانس حق‌نظریان، استاد دانشگاه و چهره علمی و فرهنگی درباره پیشینه تاریخی کلیسا می‌گوید: درباره تاریخ بنای دیر استپانوس مقدس اطلاع دقیق در دست نیست. در متون کهن روایت‌هایی نقل شده که در آن بنای کلیسا به بارتلمی مقدس، یکی از دو جواری حضرت مسیح که برای تبلیغ مسیحیت به این خطه آمده بودند، نسبت داده شده است. در بررسی‌های پژوهشگران چنین روایت‌هایی مردود شناخته شده است. در مورد قدمت دیر استپانوس مقدس سندی در چند سطر به خط هوهانس وارتاپت یکی از راهبان دیر، موجود است که در ۶۴۹ م نوشته شده و هنوز به طور دقیق بررسی نشده و حاکی از آن است که دیرهای استپانوس و تادئوس مقدس در نیمه‌های قرن هفتم میلادی دایر بودند.
درباره دیر استپانوس مقدس در انجیل قدیمی که با سال ۹۸۹ م تحریر شده و در ماتناداران اجمیادزین نگهداری می‌شود، نوشته‌ای موجود است. این انجیل را شخص نیکوکاری به نام گوژی، فرزند واهرام از طرف خود و خویشاوندانش به دیر استپانوس اهدا کرده است. از این نوشته چنین برمی‌آید که دیر استپانوس در آن زمان ۱۱۷۳ م برای ارمنیان نقاط دور نیز از اعتبار و شهرت فراوان برخوردار بوده است. از این شخص (گوژی، فرزند واهرام) نوشته دیگری نیز در دست است حاکی از آنکه وی با کسب اجازه از خلیفه حوزه خلیفه‌گری به مرمت دیر استپانوس و احداث بنا پرداخته است.
متاسفانه هیچ‌گونه سندی درباره دیر استپانوس و فعالیت‌های آن در قرن سیزدهم میلادی در دست نیست. احتمالاً در این قرن بر اثر حمله‌های وحشیانه مغولان دیر استپانوس نیز مانند مردم ارمنی صدمات فراوانی دیده و روزگار سختی را گذرانده است اما در قرن چهاردهم میلادی باید آرامش نسبی در این گوشه دورفتاده برقرار شده باشد زیرا در آن دوره برخی کارهای فرهنگی به ثبت رسیده از جمله در سال ۱۳۸۱ م در دوره تصدی اسقف گریگور در دیر استپانوس، کاتبی به نام آتوم، سوگنامه نارک اثر گریگور نارکاتسی را بازنویسی کرده است. کارهای فرهنگی در قرن پانزدهم نیز ادامه یافت. در این زمینه اطلاعات محدودی به جای مانده از آن جمله انجیلی است که در ۱۴۲۷ م در دیر استپانوس تحریر شده است. در این دوران روحانیون بسیاری در دیر فعالیت داشتند. در نیمه دوم قرن پانزدهم در زمان اوزون حسن پادشاه حکومت آق قویونلو به دنبال مراجعه یک روحانی ارمنی به نام وارطان به دربار، شاه طی فرمانی خطاب به داروغه‌ها و کلانترهای دره شام مقرر کرد که اماکن دینی ارمنی‌ها و روحانیون مقیم آن‌ها را بنابرآنچه تا آن زمان مرسوم بوده از پرداخت خراج و جزیه معاف دارند و برای این اماکن و روحانیون مزاحمتی ایجاد نکنند.
تاورنیه، جهانگرد و خاورشناس نامی، از دیر استپانوس دیدار کرده و یادداشت‌های مهمی از خود به جای گذاشته است. سن مارتن دیگر جهانگرد فرانسوی نیز از این دیر بازدید کرده و به مطالعه کلیسا و پیرامون آن پرداخته است. همچنین، پروفسور ماکلر فرانسوی نیز از دیر استپانوس بازدید کرده و به مطالعه آن پرداخته است. درباره تاریخچه دیر استپانوس موثق‌ترین بررسی از آن روحانی نامدار ارمنی، قوند آلیشان است.
در طول قرن‌ها، دیر استپانوس مقدس از مراکز معتبر فرهنگی و آموزشی ارمنیان به شمار می‌رفت. در مدرسه علوم دینی دیر استپانوس، راهبان جوان تربیت می‌شدند، دیر کتابخانه خود را داشت که در آن انجیل متعلق به سال ۹۸۹ م نیز نگهداری می‌شد. در این مرکز دینی، کتاب‌های بسیاری تولید و بازنویسی می‌شد. در سال ۱۸۴۸ به دستور جاثلیق نرسس آشتاراکتسی حدود چهل قطعه از آثار مکتوب دیر به ماتناداران اجمیادزین منتقل شد.