پاکسازی فرهنگی
دهه شصت فرآیند جذب استادان و پذیرش دانشجویان تغییر کرد برای اینکه نیروهای منتقد و مستقل اجازه ورود به دانشگاه را نداشته باشند. اهمیت موج‌های دوم و سوم پاکسازی این است که دارد در مورد افرادی اتفاق می‌افتد که در هنگام جذب و پذیرش به لحاظ سیاسی و مذهبی مورد تأیید قرارگرفته‌اند. ضمناً پاکسازی در دهه‌های گذشته همواره اجراشده، منتها در سال ۸۸ و ۱۴۰۱ افزایش‌یافته زیرا دانشگاه نسبت به اعتراضات بی‌تفاوت نماند و با معترضان همدلی و همراهی کرد. دانشگاه از بدو تأسیس وجدان بیدار جامعه ما و از مراکز روشنفکری ایران بوده که با تمام کنترلی که بر آن اعمال می‌شود، در بزنگاه‌های تاریخی نشان داده به مسئولیت و تعهد اجتماعی خود واقف است. اما برخی دانشگاه را یک نهاد مطیع در برابر قدرت می‌خواهند که چشم بر تحولات اجتماعی و فجایع پیرامونی ببندد و سکوت کند. آنها می‌خواهند رسالت یک فرد دانشگاهی از دانشجو تا استاد نجات و رهایی فردی باشد و کاری به اجتماع نداشته باشند. بنابراین برای کنترل دانشگاه پروژه خالص‌سازی باهدف مطیع سازی دانشگاه محقق می‌شود.
اساتید غیرهمسو
اساتید غیرهمسو را به عنوان تهدید شناسایی می‌کنند و آنها را در ناآرامی‌های اجتماعی مقصر می‌دانند، به جای اینکه به انتقادات اساتید توجه شود، آنها را اخراج می‌کنند. نگاه مسلط و غالب در مورد جایگاه‌های اجتماعی و شغلی که در کنترل دولت هستند این است که این جایگاه‌ها امتیازاتی هستند که دولت می‌تواند بین طرفدارانش توزیع کند. برای همین است که هرگاه اراده کنند آن را از کسانی که متمرد تشخیص می‌دهند پس می‌گیرند. تصدی این جایگاه‌ها چندان ربطی به شایستگی علمی ندارد، بلکه دستگاه تخصیص امتیازات که مبتنی بر مصالح قدرت مسلط است، حکم می‌کند که جایگاه استادی دانشگاه نصیب چه کسانی شود.
پیامد پاکسازی دانشگاه
نهاد دانشگاه برای رشد و بالندگی باید مستقل از دخالت‌های بیرونی باشد، دانشگاه باید سازوکارهای روشن و شفاف در به‌کارگیری استادان داشته باشد. اخراج اساتید به علت اختلاف عقیده یا تأیید نکردن قدرت، صدمه به نهاد دانشگاه و تهی کردن آن از نیروهای علمی توانا، متعهد، با وجدان و مسوولیت‌شناس است. اخراج استادان و دانشجویان برای مطیع‌سازی دانشگاه در برابر خواسته‌های قدرت است و نشان‌دهنده سلب استقلال از دانشگاه است. دانشگاه وقتی مستقل نباشد و نیروهای بیرونی برای آن تصمیم‌گیری کنند، کارکرد مورد انتظار را نخواهد داشت. دانشگاهی که قرار است تنها یک رویکرد فکری در آن اجازه حضورداشته باشد به رشد و بالندگی و شکوفایی نخواهد رسید. تجربه دهه‌های گذشته نشان می‌دهد که همسو سازی و خالص‌سازی یک پروژه شکست‌خورده است، چون جریان اندیشه و آگاهی را نمی‌توان متوقف کرد و نهاد دانشگاه قادر به بازسازی و ترمیم زخم‌های خودش خواهد بود و هیچ‌گاه نمی‌توان آن را تحت کنترل درآورد.
اخراج‌های غیرقانونی
مسئولان اخراج اساتید را انکار می‌کنند چون این اخراج‌ها ناعادلانه و غیرقانونی است، دست‌کم با قوانین دانشگاه همخوانی ندارد. اخراج غیرقانونی اساتیدی که در کارشان موفق هستند و مورد اعتماد دانشجویان هستند، و نیز تعلیق و اخراج دانشجویان صرفاً به علت انتقاد از قدرت یا ناهم‌سویی فکری و عقیدتی، موردپذیرش جامعه حتی آن پایگاه اجتماعی اقلیت حاکم قرار نمی‌گیرد، ازاین‌رو اخراج و تعلیق‌ها انکار می‌شود یا سعی می‌شود توجیه اداری برای آن تراشیده شود و با اصطلاحاتی مثل بازنشستگی اجباری، عدم تبدیل وضعیت و... به آن صورت قانونی و موجه داده شود. باید دولت متعهد به استقلال دانشگاه از مداخلات بیرونی شود، تدبیری اتخاذ کند که روند برخوردهای غیرمنصفانه و سختگیرانِ متوقف شود و فضای دانشگاه به‌دوراز تمامیت‌خواهی عده‌ای، محل تضارب آرا و دیدگاه‌های مختلف باشد.