بر اساس صورت‌های مالی منتشر شده توسط شرکت ملی پالایش و پخش، زیان خالص ای شرکت ۳۳ هزار ۶۰۶ میلیارد و ۵۸۶ میلیون تومان است.
شرکت فرعی ملی مهندسی ساختمان نفت ایران، قراردادی به مبلغ ۱۱۰ میلیون دلار به مدت ۲۰ ماه برای تعمیر و راه اندازی پالایشگاه ال پالیتو در ونزوئلا منعقد نموده و از این بابت ۲۵ میلیون یورو دریافت که بیشتر صرف خرید قطعات و تجهیزات شده، اما «با وجود پیشرفت ۶۴ درصدی پروژه درآمدی از این بابت در حساب‌ها ثبت نشده است». پرسش این است که اگر دولت ونزوئلا به گفته مسئولین وزارت نفت پولی از این بابت پرداخت کرده است، چرا در حساب‌ها درآمدی شناسایی نشده است؟ آیا ونزوئلا پولی برای این کار پرداخت کرده است؟
حسابرس این سوال را مطرح کرده که چرا شرکت مسئول بازسازی پروژه ال پالیتو «فاقد سیستم حسابداری انبار بابت موجودی تجهیزات» است؟
مبلغ ۱۶۴۹۸ میلیارد تومان از مطالبات شرکت پخش فرآورده بابت اقلام راکد و سنواتی از جهت مشتریان داخلی و صادراتی نیازمند پیگیری‌های حقوقی است.
طبق بند ۲۰ اظهار نظر سازمان حسابرسی در موارد ذیل موارد قانونی رعایت نشده است:
-بازپرداخت تعهدات طرح توسعه پالایشگاه آبادان تا سقف ۲۶۵ میلیون یورو
- زیان انباشته شرکت معادل ۱۶۶ درصد سرمایه ثبتی می‌باشد که شرکت پالایش و پخش را مشمول ماده ۱۴۱ قانون تجارت قرار می‌دهد (قانون ورشکستگی)
- ۴۲۲ هکتار از زمین‌های شرکت پالایش نفت آبادان به صورت یک ریالی در دفاتر ثبت شده است
- ۱۰۲۷ هکتار از زمین‌های شرکت فاقد سند مالکیت است یا سند به نام شرکت نمی‌باشد.
- ۱۷۷ باب اماکن تجاری، ۲۶۷ باب منزل مسکونی، ۳۸ هکتار اراضی و ۱۰۶۷ فقره اموال منقول شرکت با مجوز مدیریت در اختیار دیگران قرار گرفته است.
- ۴۴ قطعه زمین شرکت در خیابان ملاصدرا در تصرف سایر اشخاص قرار دارد.