مسجد سید اصفهان در سالهای اخیر به دلیل نگهداری نامناسب و بهرهبرداریهای خارج از توان یک اثر تاریخی دچار آسیبهای جدی شده؛ گرچه فرونشست شرایط این مسجد قاجاری را بغرنجتر کرده اما به گفته کارشناسان، ضعف در نگهداری و حفاظت همچنان دلیل پررنگ وضعیت اسفناک آن است.مسجد سید اصفهان، یکی از آثار تاریخی برجسته این شهر، به دلیل بیتوجهیها در نگهداری و مشکلات مدیریتی دچار آسیبهای جدی شده و این درحالی ست که برخی گروهها و نهادها گرچه از این اثر تاریخی در همین شرایط به شدت فرسایشی در رویدادهای متعدد بهرهبرداری میکنند اما به گفته برخی فعالان میراث فرهنگی، هیچ مشارکتی در نگهداری و حفاظت از آن ندارند.
این مسجد قاجاری که با بحران فرونشست زمین هم دست و پنجه نرم میکند؛ به دلیل نبود هماهنگی لازم میان نهادهای بهرهبردار و دستگاههای متولی، در قهقرای زوال قرار گرفته است در حالی که همچنان بهرهبرداری های فرساینده بر گُرده رنجورش سنگینی میکند.