علی شمخانی در گفت‌وگو با جواد موگویی در پاسخ به این سوال که آیا شهید رییسی ترور شد؟ گفت: ستاد کل تا لحظه آخر با توجه به هیئت‌های بررسی‌کننده اعلام کرد که هیچ اتفاقی در داخل پرواز رخ نداده است.پس از جنگ دوازده روزه، این سوال قوت گرفت که آیا ترور شهید رئیسی می‌تواند به اسرائیل مرتبط باشد.با توجه به توان فنی بررسی‌کنندگان، هیچ نشانه‌ای از دخالت خارجی در شهادت شهید رئیسی مشاهده نشده، اما احتمال دارد این اتفاقات فراتر از توان فنی ما باشد.
وی افزود: برخی می‌گویند اسرائیلی‌ها زمان زدن فقط هدف مورد نظر را می‌زنند، این اشتباه است، زمان ترور شهید عباس موسوی زن و بچه‌اش را هم ترور کردند، نکته دیگر اینکه ایرانی‌ها را در عملیات‌ها ترور نمی‌کنند که این هم اشتباه است، نمونه اش ترور شهید جهاد مغنیه. بعد از جنگ ۱۲ روزه سوال اینکه شهید رئیسی به دست اسرائیل به شهادت رسیده باشد بیشتر مطرح شد، مبتنی بر مقدورات فنی بررسی کنندگان هیچ حادثه خارجی رخ نداده. ممکن است علت حادثه فراتر از تشخیص فنی ما باشد. زدن پایگاه آمریکایی توسط جمهوری اسلامی یک اعتبار بزرگی است، مگر کسی تا امروز به کشور آمریکا حمله کرده است، ما عین‌الاسد را زدیم که انتقام سریع در پاسخ به ترور شهید سلیمانی بود، این جواب سریع و کافی بود شمخانی درباره سقوط هواپیمای اوکراینی گفت: بعد از وقوع حادثه سقوط هواپیمای اوکراینی، سردار باقری با من تماس گرفتند و بلافاصله به رئیس‌جمهور اطلاع دادم. وظیفه‌ای نداشتم که این خبر را به آقای ظریف اعلام کنم.برخی معتقد بودند که حادثه به دلیل جنگ الکترونیک آمریکا بوده، به همین دلیل سه روز برای اعلام رسمی نتیجه بررسی‌ها تأخیر داشتیم.در مراسم خاکسپاری یکی از قربانیان هواپیمای اوکراینی به بهشت زهرا رفتم. خانواده آنها با من برخورد بدی داشتند، اصلاً ناراحت نشدم، چون داغ بسیار بزرگی بود. او گفت: ما یک جنگ نفتکش ها با اسرائیل داشتیم که در آن مقطع آنها کشتی های ما را می‌زدند و وقتی ما بر آنها غلبه پیدا کردیم دیگر تکرار نکردند. ما قبل از وقوع ۷ اکتبر یکبار اسرائیل را در دریا شکست دادیم.هرچند که پدافند اسرائیل تغییر پیدا کرده بود، قابلیت اصابت موشک های ما نیز نسبت به قبل به شدت تغییر پیدا کرده بود و قوی تر شده بود.موشکی از روز اول ما سیاستگذاری درستی داشتیم و بومی سازی کردیم، البته در پهپاد و دریایی هم همینطور اما در پدافند دیر شروع کردیم اما ان شاالله این هم اصلاح خواهد شد. وی افزود: ای کاش در دهه ۷۰ به ساخت بمب هسته‌ای فکر می‌کردم، اگر به گذشته برگردم حتما دنبال سلاح هسته‌ای می‌رفتم. اگر بعد از ۷ اکتبر آمریکایی‌ها و اروپایی‌ها با همه وجود از اسرائیل حمایت نمی‌کردند، تبعات جنگ این قدر گسترده نمی‌شد. اسرائیلی‌ها از بعد از انقلاب به دنبال جنگ بودند و اولین شهید هسته‌ای اردشیر حسین‌پور در شیراز را با گاز خفه کردند.