به گزارش ایسنا، آیتالله سید مجتبی خامنهای متولد سال ۱۳۴۸ در مشهد است. ایشان دوران تحصیلات دبیرستان را در مدرسه علوی گذراندهاند و پدر شهید ایشان و آیتالله محمود هاشمی شاهرودی از نخستین استادان حوزویشان بودند.
آیتالله خامنهای در سال ۶۵ در ۱۷ سالگی عازم جبهه و عضو گردان «حبیب ابن مظاهر» از گردانهای «لشکر ۲۷ محمد رسولالله» تهران شدند و در عملیات بیتالمقدس ۲، ۳، ۴، والفجر ۱۰ و مرصاد حضور داشتند.
در سال ۷۸ برای تحصیلات حوزوی وارد حوزه علمیه قم شدند و در کلاسهای آیتالله محمدتقی مصباح یزدی، آیتالله محسن خرازی و آیتالله لطفالله صافی گلپایگانی حاضر شدند و در سالهای گذشته نیز در قم دروس حوزوی را تدریس کردهاند.
ایشان در سال ۱۳۷۸ با زهرا حدادعادل ازدواج کردند که دو پسر و یک دختر با نامهای محمدباقر، محمد امین و فاطمه حاصل این ازدواج است. همسر آیتالله خامنهای ۹ اسفند در جریان تجاوز نظامی آمریکا و رژیم صهیونیستی به ایران در مجموعه بیت رهبری به شهادت رسیدند.