ستاره صبح-پیام رهبر انقلاب در پی ترور دانشمند هسته‌ای و دفاعی شهید محسن فخری‌زاده بسم‌الله الرّحمن الرّحیم دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گران‌بها را به خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخش‌هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت میگویم و علوّ درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم.
روحانی: دشمنان هفته‌های پراضطرابی را می‌گذرانند رئیس‌جمهور در واکنش به ترور شهید محسن فخری‌زاده گفت: همه اتاق‌های فکر و دشمنان ایران بدانند ملت ایران و مسئولان شجاع‌تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند و مسئولان مربوطه به موقع و مناسب، پاسخ این جنایت را خواهند داد. به گزارش ایرنا، حسن روحانی گفت: این ترور وحشیانه نشان می‌دهد که دشمنان ما در هفته‌های پراضطرابی هستند، هفته‌هایی که احساس می‌کنند دوران فشار آن‌ها کم می‌شود و شرایط جهانی تغییر می‌کند و برای آن‌ها این چند هفته مهم است که حداکثر استفاده را از این روزها ببرند تا هم بتوانند شرایط نامطمئنی را در منطقه به وجود بیاورند و هم توجهات جهانی از ترور و ارعابی که در مناطق اشغالی این روزها به وجود آورده بودند، به مشکلات و مسائل دیگر معطوف شود. روحانی افزود: ملت ایران هوشمندتر و حکیم‌تر از آنند که در دام توطئه صهیونیست‌ها بیفتند. آن‌ها در فکر ایجاد یک آشوب و بلوا هستند. بدانند ما دست آن‌ها را از پیش خواندیم و آن‌ها موفق نخواهند شد به اهداف خبیثانه خودشان دست پیدا کنند.
سید ابراهیم رئیسی به گزارش خبرگزاری مهر به نقل از مرکز رسانه قوه قضائیه، آیت‌الله سید ابراهیم رئیسی در نشست با اعضای شورای فرماندهی و مسئولان مرکز مقاومت بسیج قوه قضائیه با محکومیت ترور دانشمند شهید محسن فخری زاده، گفت: شهید فخری زاده‌ها قهرمانان پیشرفت این کشورند. رئیس دستگاه قضا ترور و تحریم را دو لبه یک قیچی توصیف کرد که دشمنان برای توقف ملت ایران در دست گرفته‌اند و متذکر شد: هدف اصلی دشمن، ترور پیشرفت و اقتدار ملت ایران است که انشاالله محقق نخواهد شد. رئیسی طراحان و حامیان ترور را خبیث‌تر از عاملان آن دانست و اظهار داشت: طراحان و حامیان ترور همان‌هایی هستند که اول تحریم می‌کنند و سپس با کراوات پای میز مذاکره آمده و از سوی دیگر در خیابان با اسلحه آدم می‌کشند.
واکنش رئیس مجلس با ذکر یک آیه رئیس مجلس شورای اسلامی به شهادت محسن فخری‌زاده در یک عملیات تروریستی واکنش نشان داد. محمدباقر قالیباف در صفحه شخصی خود در توییتر نوشت: «وَسَیَعْلَمُ الَّذِینَ ظَلَمُوا أَیَّ مُنْقَلَبٍ یَنْقَلِبُونَ... إِنَّا مِنَ الْمُجْرِمِینَ مُنْتَقِمُونَ...». (و آنان که ظلم و ستم کردند به زودی خواهند دانست که به چه کیفر گاهی و دوزخ انتقامی بازگشت می‌کنند... البته ما از بدکاران انتقام خواهیم کشید) این متن بخشی از آیه ۲۲۷ سوره شعرا و بخشی از آیه ۲۲ سوره سجده است. وی همچنین با صدور پیام تسلیتی خطاب به نهادهای امنیتی و اطلاعاتی اظهار کرد: «لازم است نهادهای امنیتی و اطلاعاتی نسبت به شناسایی، دستگیری و اشد مجازات عوامل این حادثه تروریستی اقدامات لازم را به انجام رسانند. امروز راه مماشات بسته است و انتقام گرفتن از آمران و عاملان این جنایت‌های بزرگ است که هزینه سنگین و غیرقابل بازگشت این ترورها را برای آن‌ها مشخص خواهد کرد.»
واکنش مقامات نظامی در نخستین واکنش وزارت دفاع در بیانیه کوتاهی خبر ترور و شهادت محسن فخری زاده را تأیید کرد. پس از آن، سرلشکر محمد باقری رئیس ستاد کل نیروهای مسلح با تأکید بر اینکه انتقام سختی در انتظار آمران و عاملان ترور خواهد بود، گفت: «ترور این مدیر توانا و شایسته گرچه تلخ و ضربه سنگینی به مجموعه دفاعی کشور بود، اما دشمنان کوردل بدانند راهی را که شهید فخری زاده‌ها آغاز کرده‌اند، هرگز متوقف نخواهد شد. گروه‌های تروریستی و آمران و عاملان این اقدام کور هم بدانند که انتقام سختی در انتظار آن‌ها خواهد بود». سرلشکر حسین سلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی هم در پیام خود با محکومیت ترور فخری‌زاده اظهار داشت: «قطعاً عاملان این جنایت بزرگ مجازات خواهند شد و راه شهید فخری زاده نیز پرشتاب‌تر از گذشته تداوم خواهد یافت». سردار حسین دهقان، مشاور فرمانده کل قوا در صنایع دفاعی و وزیر پیشین دفاع نیز در واکنش به این حادثه بیان داشت: «صهیونیست‌ها در واپسین روزهای عمر سیاسی متحد قماربازشان در پی تشدید و افزایش فشار بر ایران برای ایجاد یک جنگ تمام‌عیار هستند. شب دراز است و قلندر بیدار! همچون صاعقه بر سر قاتلان این شهید مظلوم فرود خواهیم آمد و از کرده خود پشیمان‌شان می‌کنیم». امیر حاتمی، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح نیز گفت: «برای ما روشن و محرز است این نوع خباثت‌ها و دشمنی‌ها و این حجم و عمق از کینه نسبت به مردم عزیز ایران و خادمان آن‌ها همواره از سوی رژیم صهیونیستی و حامیان خارجی و عوامل داخلی آن‌ها شاهد بودیم و به روشنی می‌توان دست آن‌ها را در این حادثه دید». سرلشکر عبدالرحیم موسوی، فرمانده کل ارتش نیز با تأکید بر اینکه حق انتقام از دشمنان در هر عرصه دیگری برای جمهوری اسلامی ایران محفوظ است، تصریح کرد: «دست جنایتکار آمریکا، رژیم منحوس صهیونیستی و منافقین کوردل در این جنایت به وضوح و آشکارا دیده می‌شود».
واکنش مسئولان داخلی سیدمحمود علوی وزیر اطلاعات در پیام خود از آغاز شناسایی عناصر خودفروخته و عاملان ترور و به شهادت رساندن محسن فخری زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع خبر داد. در دولت نیز نخستین واکنش را محمدجواد ظریف نشان داد که در توییتر نوشت: «تروریست‌ها یک دانشمند برجسته ایران را ترور کردند. این بزدلی - که نشانه‌های جدی از نقش اسراییل در آن دیده می‌شود - نشانگر جنگ‌طلبی از سر استیصال مرتکبین این اقدام است». اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس‌جمهوری گفت: «بدون تردید این دست اقدامات ضد انسانی و کوردلانه محکوم به شکست است و خللی در عزم جدی ملت بزرگ ایران در دستیابی به پیشرفت و توسعه در حوزه‌های دفاعی که تأمین کننده مصالح و امنیت ملی کشورمان است، وارد نمی‌کند و دشمنان این مرز و بوم را بیش‌ازپیش ناامیدتر خواهد نمود». علی‌اکبر صالحی، رئیس سازمان انرژی اتمی در پیامی با بیان اینکه شهید فخری‌زاده موجب برکات و تقویت بیش‌ازپیش ایران اسلامی خواهد شد، شهادت فخری زاده را تسلیت گفت. علی‌اکبر ولایتی، مشاور امور بین‌الملل رهبری نیز با تسلیت این حادثه تروریستی، تصریح کرد: «مسببان پیدا و پنهان ترور شهید فخری‌زاده در انتظار انتقام ملت ایران باشند». علی لاریجانی، دیگر مشاور رهبری هم در پیام تسلیت خود یادآور شد: «این نخستین بار نیست که استکبار کوردل دست به اینگونه اقدامات بزدلانه می‌زند. آنان می‌دانند با این شیوه‌های خباثت آمیز نمی‌توانند خللی در اراده مصمم ملت بزرگ ایران ایجاد کنند».
واکنش نمایندگان نمایندگان مجلس شورای اسلامی نیز به ترور دکتر محسن فخری زاده واکنش نشان دادند که در ادامه گزیده‌ای از آن‌ها را می‌خوانیم. امیرحسین قاضی‌زاده هاشمی، نایب‌رئیس اول مجلس شورای اسلامی با تأکید بر ضرورت شناسایی و محاکمه عوامل ترور محسن فخری‌زاده گفت: «هزاران فخری زاده در کشور داریم که با اراده‌ای مستحکم‌تر برای گرفتن انتقام سخت از دشمنان این مرز و بوم به میدان خواهند آمد». احمد امیرآبادی عضو دیگر هیئت‌رئیسه بر ضرورت بررسی موضوع ترور محسن فخری‌زاده از سوی کمیسیون امنیت ملی تأکید کرد. مصطفی میرسلیم، نماینده تهران گفت: «شهادت محسن فخری‌زاده عزم ما را در پیگیری راه اعتلای علمی برای پیشرفت کشور راسخ‌تر می‌کند». محمدحسن آصفری، نایب‌رئیس کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها با تأکید بر اینکه با پیام تسلیت مشکل جنایات تروریست‌ها حل نمی‌شود، گفت: «باید پاسخگو بود که مسئول این ناامنی‌ها کیست».