بخش خصوصی بی‌نصیب از منابع صندوق رئیس اتاق بازرگانی پیش از این عنوان کرد که تنها ۱۵ درصد از کل اقتصاد کشور در اختیار بخش خصوصی قرار دارد، فعالان واقعی و غیر وابسته بخش خصوصی و اعضای اتاق بازرگانی همیشه از این مسئله که منابع صندوق به بخش خصوصی واقعی پرداخت نمی‌شود، انتقاد کرده‌اند.
نهاد‌های عمومی غیردولتی کدام‌اند؟ علیرضا صالح عضو هیئت عامل و معاون منابع و مصارف صندوق توسعه ملی، در مصاحبه‌ای اظهار کرد که «حدود نیمی از ۴۰ میلیارد دلار منابع صندوق به نهاد‌های عمومی غیردولتی پرداخت‌شده است.» برای نمونه در خبر‌ها اعلام شد که صندوق توسعه ملی به ۴۶ نیروگاه تولید برق تسهیلات پرداخت کرده است، اغلب نیروگاه‌های اصلی تولید برق کشور در اختیار بنیاد‌های خصلتی قرار دارند. مالک شریعتی نیاسری نماینده مجلس و عضو کمیسیون انرژی اخیراً این نیروگاه‌ها را متهم کرد که قاچاق اصلی سوخت در کشور توسط آن‌ها انجام می‌شود. اما به گفته متخصصان هنوز زیرساخت‌ها فرسوده و نیازمند اورهال است، پس مالکین نیروگاه‌ها پول‌های صندوق را در کجا هزینه کرده‌اند؟ در بخش نفت نیز منابع کلانی از سوی صندوق پرداخت شد، آیا این نهادها اقساط خود را پرداخت می‌کنند؟ آیا اصلاً وثیقه‌ای بابت این مبالغ هنگفت از این مراکز دریافت شده است؟
تعللل در باز پرداخت وام صندوق ذبیح‌الله خدایان رئیس سازمان بازرسی نیز یکی دیگر از چالش‌های صندوق را عدم بازپرداخت تسهیلات اعطایی به بخش دولتی و تعاونی و بخش خصوصی عنوان کرد و گفت: بیش از ۲۰۰ مورد تسهیلات برای بیش از ۴۰۰ بار استمهال شده است و برخی طرح‌ها تا ۸ بار هم امهال داشته‌اند. پرسش این است که چرا بدهکاران به جای فشار به او و ضبط وثایق تسهیلات وی تا ۴۰۰ بار استمهال می‌گردد!
گزارش‌ها صندوق محرمانه نیست سید احمدرضا دستغیب، رئیس دیوان محاسبات کشور نیز محرمانه بودن گزارش‌ها صندوق را غیرقابل‌قبول خواند و گفت: وقتی نهاد‌های نظارتی نیز خواهان افشای این موارد هستند، دلیل امتناع غضنفری، رئیس صندوق از اعلام لیست بدهکاران به مباحثه و مجادلات مختلفی در میان کارشناسان داخلی دامن زده است. (برگرفته از آفتاب نیوز)
تحریم محمدباقر نوبخت، رئیس سابق سازمان برنامه و بودجه درباره منابع صندوق توسعه ملی به اعتماد گفت: «اظهاراتی مبنی بر تاراج و غارت منابع صندوق توسعه ملی، القاکننده شبهه غارت منابع توسط دولت‌هاست. درحالی‌که برای قضاوت درست درباره آنچه بر منابع صندوق گذشته باید مستند و دقیق صحبت کرد. اساساً دولت‌ها برای تأمین منابع موردنیاز خود یا باید دست به فروش دارایی‌های سرمایه‌ای نظیر نفت و گاز بزنند یا باید فروش اوراق داشته باشند، چراکه درآمد‌های مالیاتی اصولاً کفاف مصارف بالای دولتی را نمی‌دهد. درعین‌حال، فروش اوراق نیز زیان‌هایی دارد و در سررسید آن، اقتصاد کشور را به مخاطرات جدی می‌اندازد. وقتی درباره صندوق توسعه ملی صحبت می‌کنیم، از یک فرآیند بزرگ و تاریخی منابع نفتی و غیرنفتی صحبت می‌کنیم و بنابراین بدون در نظر گرفتن شرایط تاریخی اقتصاد ایران و تحریم‌های ظالمانه‌ای که علیه کشورمان اعمال‌شده، چنین آمار‌هایی درست نیست.» نوبخت اضافه کرد: «مشکل بزرگی که برای صندوق توسعه ملی ایجاد شد، بعد از تشدید تحریم‌ها و سقوط درآمد‌های نفتی ایران به چیزی حدود ۵ تا ۶ میلیارد دلار بوده است. بعد از تشدید تحریم‌ها، شرایط اقتصاد کشور به‌گونه‌ای جلو رفته که دولت‌ها مجبور به استفاده از تمام ظرفیت‌ها برای جبران کسری بودجه خود بوده‌اند، چراکه استفاده از مکانیزم‌هایی مانند فروش اوراق، برای دولت بدهی هنگفتی ایجاد می‌کرد.» نوبخت با اشاره به اظهارات اخیر درباره باقی ماندن تنها ۱۰ میلیارد دلار در صندوق توسعه ملی گفت: «اول از همه، مسئولی که چنین حرفی را می‌زند باید با اطلاعات شفاف اعلام کند که چقدر پول در صندوق بوده و چقدر از آن تسهیلات داده‌شده است. به کدام بخش تسهیلات داده‌شده و چرا برنگشته است؟ چه کسی باید این را پیگیری کند؟ نکته دوم اینکه همین الآن هم دولت روز‌های سختی را پشت سر می‌گذارد و چاره‌ای جز استفاده از ظرفیت فروش نفت ندارد.» او می‌افزاید: «خیلی مرسوم شده که ایران در شرایط تحریم‌های ظالمانه را با کشور‌هایی مانند نروژ یا عربستان و کویت مقایسه می‌کنند و می‌گویند این کشور‌ها در صندوق‌های ثروت خود منابع بالایی را ذخیره کرده‌اند، درحالی‌که این کشور‌ها اصلاً چیزی به نام تحریم ندارند، ضمن اینکه می‌بینیم که همین کشور‌ها هم در مواقع ضروری از منابع صندوق برداشت می‌کنند. چیزی که مسئولان فعلی صندوق توسعه ملی می‌گویند مغایر باسیاست‌های کلی نظام است. طبق قانون، برداشت از صندوق یا تسهیلات دهی از منابع آن به بخش خصوصی با اذن رهبری صورت گرفته و این‌گونه اظهارنظرها، مشخص نیست با چه رویکردی گفته می‌شود؟» نوبخت، موضع‌گیری‌های اخیر درباره عملکرد دولت گذشته در موضوع صندوق توسعه ملی را «یک‌طرفه» و پر از «ابهام» دانسته و می‌گوید: «استفاده از کلمه تاراج و غارت و این‌ها برای کاری که با اذن رهبری انجام‌شده و در شرایط بحرانی شدیدترین تحریم‌ها انجام‌گرفته، فقط القای شبهه و یکجانبه‌نگری است. اگر دوستان اسنادی در اختیاردارند به‌طور شفاف اعلام کنند که چقدر از این منابع را دولت برداشت کرده و چقدر به بخش خصوصی داده‌شده و اصلاً چرا برنگشته است؟ چون طبق قانون، بخش خصوصی بعد از دریافت تسهیلات ارزی باید به صورت ارزی این پول را برگرداند. بنده به عنوان رئیس اسبق سازمان برنامه و بودجه مطلع هستم که برخی تسهیلات گیرندگان ارزی، وامی که گرفته‌اند را پس نداده‌اند. خوب است مسئولان فعلی صندوق توسعه ملی، به جای یک‌جانبه‌گرایی، شفاف عمل کرده و نام این شرکت‌ها را اعلام کنند.»